El documento de trabajo presenta las bases teóricas y metodológicas para evaluar las características fisionómicas y funcionales del sistema de áreas protegidas, con una mirada espacial y ecológica. Se incluyen los detalles metodológicos para la evaluación, considerando la descripción de los elementos e indicadores, los pasos para lograr el procesamiento de información espacial, la definición de los modelos, los cálculos y los comparadores que se utilizarán para facilitar la interpretación de los resultados. Así mismo, se presenta un resumen conciso de los resultados obtenidos de la aplicación de esta metodología y una serie de recomendaciones para el monitoreo y la gestión del componente físico del Sinanpe. Finalmente, a manera de anexo, se presenta el protocolo de monitoreo del componente físico del sistema de áreas naturales protegidas del Perú.