El monitoreo orientado a la elevación de la calidad de los recursos hídricos conlleva a un diagnóstico de sus estado a través de la elevación de indicadores químico -físicos de la calidad de agua, obtenidos a través de mediciones y observaciones sistemáticas de las variables de las aguas continentales y marino-costeras. Estas mediciones se desarrollan a través de una metodología y procedimientos estandarizados que involucran la toma de muestras de agua con criterios establecidos en el protocolo de monitoreo.