La Ecología Molecular es una novedosa y vigorosa rama de la Ecología. De manera resumida la podemos definir como el empleo de herramientas moleculares para resolver problemas ecológicos. Tal aplicación ha abierto la puerta para el estudio de problemas que hace pocos años nos parecían insolubles aunque fascinantes y centrales. Al mismo tiempo ha generado nuevas preguntas y campos de conocimiento, tanto en lo ecológico como en lo evolutivo. La Ecología Molecular se ha enfocado al uso de marcadores genéticos para resolver problemas poblacionales, como queda claro de hojear cualquier número de la revista Molecular Ecology. Y trata de resolver los problemas clásicos de la ecología de poblaciones: ¿cómo definir una población?; ¿dónde acaba y dónde inicia?; ¿cómo definir a las especies?; ¿cómo analizar a las poblaciones híbridas?