Las fuentes contaminantes puntuales de la Región de Puno en su mayoría corresponden a poblados que carecen de un óptimo sistema de tratamiento o evacúan sus aguas residuales sin tratamiento a los cuerpos de agua, hay casos en las mayores ciudades como Puno y Juliaca en que existe el alcantarillado a un porcentaje elevado pero sus sistemas de tratamiento no funcionan adecuadamente, luego disponen al medio ambiente cantidades notables de contaminantes.