Moquegua es una región privilegiada en la que se encuentran 21 zonas de vida de las 84 que posee el país, los ecosistemas identificados y propuestos por su importancia biológica son las Lomas, ecosistemas que albergan en su mayoría flora y fauna endémica, debido a la restricción de su distribución a lo largo de las costas del Pacifico sur, los Bosques de Polylepis (Qeñoa), son poseedores de una avifauna única, restringida solo a estos ecosistemas, así mismo, tenemos los Bofedales, Yaretales, Tolares y Matorrales, ecosistemas con especies en peligro de extinción y altamente amenazadas por el uso irracional que se les ha dado. Y por último los pajonales, ecosistema característico de los Andes que alberga también, una cantidad de flora y fauna única de estas regiones.