Existen reportes acerca de los grandes cambios que se han producido con respecto a los procesos de erosión y sedimentación en zonas de extracción minera dentro de las cuencas Inambari, Colorado, y Tambopata, así como la contaminación por mercurio en los principales ríos y quebradas que forman parte de estas cuencas. Con la finalidad de evaluar estos impactos y otros asociados a la intervención de actividades humanas es muy importante desarrollar un programa de monitoreo efectivo que permita caracterizar la variabilidad de la precipitación, así como la descarga y química del agua en los principales ríos de la región. Actualmente, el Servicio Nacional de Meteorología e Hidrología del Perú (SENAMHI) no cuenta con estaciones fluviométricas (registros de descarga) dentro de toda la cuenca Madre de Dios, y por el contrario mantiene en funcionamiento algunas estaciones pluviométricas (registros de precipitación).