El Plan Maestro del Santuario Nacional Megantoni ha sido elaborado siguiendo la Guía para la elaboración de Planes Maestros de las Áreas Naturales Protegidas (INRENA, 2005). El principal objetivo del presente documento consiste en proporcionar las orientaciones estratégicas de mediano plazo para el adecuado manejo y desarrollo del Santuario Nacional Megantoni, el mismo que se ha realizado a través de un proceso de participación y consulta con los agentes sociales, políticos y sectoriales de mayor influencia en la Región.
En la elaboración del Plan Maestro, han sido tomados en cuenta los objetivos del Santuario, expresados en el Decreto Supremo de su creación, el marco definido por la legislación vigente, así como las características del área y su dinámica particular. Es la intención de este Plan Maestro asegurar una acertada toma de decisiones y administración del Santuario Nacional Megantoni, que resulten compatibles con sus objetivos, en el contexto del complejo de áreas protegidas que conforman el Corredor de Conservación Vilcabamba- Amboró.