Investigación: Comparative metagenomics of bathypelagic plankton and bottom sediment from the Sea of Marmara

Presenta el análisis de metagenómica comparativas de la alta mar, produce data metagenómica por dirigir 454 pirosecuenciación de batipelágica plancton (1000 m de profundidad) y el sedimento del fondo del Mar de Mármara, la puerta de enlace entre el Mediterráneo Oriental y el Mar Negro. Los datos de pequeña subunidad ribosomal RNA (SSU rRNA) bibliotecas de genes y pirosecuenciación directa de la misma
muestras indicaron que Gamma y Alfa-proteobacterias, seguido de Bacteroidetes, dominó el fracción bacteriana en Marmara en aguas profundas plancton, mientras que Planctomycetes, Delta y Gammaproteobacteria
fueron los grupos más abundantes en alta sedimento bacteriano-diversidad. Grupo I
Crenarchaeota / Thaumarchaeota dominó la fracción archaeal plancton, aunque el grupo II y III Euryarchaeota también estuvieron presentes. Los eucariotas son muy diversos en las bibliotecas de genes SSU rRNA, con
alveolates grupo I (Duboscquellida) y II (Syndiniales) y Radiozoa dominan el plancton y Opisthokonta y alveolates, los sedimentos. Sin embargo, las secuencias eucariotas eran escasos en pyrosequence datos. Arqueales genes amo eran abundantes en el plancton, lo que sugiere que Marmara planctónicas
Thaumarchaeota son oxidantes del amoníaco. Los genes implicados en la reducción del sulfato, monóxido de carbono oxidación, anammox y sulfatasas estaban excesivamente representadas en los sedimentos. Contratación del Genoma Los análisis mostraron que Alteromonas macleodii 'ecotipo superficie', ubique Pelagibacter y
Nitrosopumilus maritimus estaban altamente representados en 1.000 m de profundidad plancton. Un análisis comparativo
metagenomes de Mármara con ALOHA aguas profundas y superficiales plancton, cadáveres de ballenas, Perú
sedimentos del subsuelo y suelo metagenomes agrupados en alta mar de Mármara plancton con profundas ALOHA plancton y cadáveres de ballenas, probablemente debido a las condiciones subóxicas en la profunda Marmara
columna de agua. El sedimento Marmara agrupado con el metagenoma suelo, destacando la común papel ecológico de ambos tipos de comunidades microbianas en la degradación de la materia orgánica y el conclusión de los ciclos biogeoquímicos.
Sin embargo, a pesar de que son clave para la biogeoquímica
ciclismo en nuestro planeta, la composición de los ecosistemas marinos
comunidades microbianas, su potencial metabólico
y actividades y sus interacciones con el
medio ambiente siguen siendo poco conocidos. Un considerable
ha dedicado un esfuerzo aunque en los últimos años para
estudio planctónicas
.

Tipo de documento: 
Investigación
Representación Territorial: 
Perú
Fecha de creación de documento: 
Enero, 2013